बिहार में बाढ़ का असर ट्रेनों के परिचालन पर भी पड़ा है। दरभंगा-समस्तीपुर रेलखंड पर हायाघाट स्थित रेल पुल के पिलर संख्या 16 पर पानी चढ़ गया है। मुजफ्फरपुर-सुगौली रेलखंड पर सुगौली-मझौलिया के बीच पुल संख्या 248 के गार्डर को भी बाढ़ ने छू लिया है। सुगौली जंक्शन के ट्रैक पर भी पानी आ गया है। रक्सौल, बेतिया व मुजफ्फरपुर के बीच स्थित सुगौली जंक्शन से दिल्ली की कई ट्रेनेंं गुजरती हैं। नेपाल के नागरिक भी भारत की यात्रा में रक्सौल व सुगौली जंक्शन से ट्रेनें पकड़ते हैं। इन रेल खंडों पर ट्रेन परिचालन रोके जाने का असर बड़ी आबादी पर पड़ा है। हालांकि, रलवे ने कई ट्रेनों के मार्ग बदल और कई का आंशिक समापन कर समस्या को कम करने की कोशिश की है।
बिहार में बाड़ का असर पूर्वी चंपारण के सुगौली जंक्शन पर भी पड़ा है। वहां रेलवे ट्रैक पर तीन दिनों से पानी चढ़ा हुआ है। रेलवे ने यात्रियों की सुविधा के लिए लंबी दूरी की ट्रेनों को आगे सिर्फ रेल इंजन को चलाकर कौशन पर चलाया, लेकिन खतरा को देखते हुए अब इसे बंद कर दिया गया है। इसके बाद रेलवे ने ट्रेनों के परिचालन का मार्ग बदल दिया है। सुगौली जंक्शन के अधीक्षक दिलीप सिंह के अनुसार खतरे को देखते हुए ट्रेनों के परिचालन पर रोक लगायी गयी है। पानी का दबाव कम होने पर परिचालन फिर सामान्य कर दिया जाएगा।